La Lituania è stata convertita tardi: Ladislao II Jagellon, battezzato nel 1387 in occasione del suo matrimonio con la Regina di Polonia, si adoperò per diffondere la fede cattolica nel suo paese ancora pagano.

Nel 1457, il nobile Petras Gedgaudas fece costruire una chiesa, a cui assegnò delle terre;
la chiesa era dedicata alla Natività della Beata Vergine Maria ed ospitava un’icona della Madonna col Bambino che era stata portata da Roma ed offerta a Petras Gedgaudas.

Si trattava di una copia dell’icona Salus populi romani che si trova nella cappella Paolina della Basilica di Santa Maria Maggiore a Roma.

La devozione mariana a Šiluva risale praticamente all’inizio del cristianesimo in Lituania.

La chiesa divenne rapidamente un celebre Santuario mariano.

La Riforma protestante, propagatasi nella Germania e nella Prussia, non tardò ad estendersi nella Lituania soprattutto per opera dei nobili che, spesso, la imposero con la forza: molti degli abitanti della regione di Šiluva divennero calvinisti.
I protestanti condussero una guerra iconoclasta: si impadronirono delle chiese, distrussero gli oggetti religiosi e spesso incendiarono gli edifici: anche la chiesa di Šiluva venne data alle fiamme nel 1569.

L’ultimo parroco di Šiluva, John Holubka, raccolse i documenti riguardanti la fondazione della chiesa, gli oggetti sacri e il quadro della Madonna, li pose in una cassa di ferro e seppellì il tutto vicino alla chiesa prima che venisse completamente distrutta.

Passata la furia iconoclasta, una legge autorizzò i cattolici a recuperare i beni sequestrati, purché potessero far valere il loro diritto.
I successivi tentativi da parte dei cattolici di riacquistare la proprietà della chiesa attraverso procedimenti legali furono ostacolati dal fatto che l’esatta ubicazione dei documenti relativi alla chiesa era sconosciuta.

Nell’estate del 1608, dei ragazzi che pascolavano il gregge nel sito della chiesa distrutta, sentirono prima un lamento sommesso e poi scorsero, assisa su un masso, una giovane donna che piangeva dirottamente con un bambino in braccio.  
La visione si dileguò e i pastorelli corsero a raccontare la cosa ai genitori: ne venne informato anche il pastore calvinista, il quale rimproverò severamente i ragazzi.



Il mattino dopo una gran folla si radunò attorno al masso; vi andò anche il pastore calvinista con l’intento di disperdere quell’assembramento, ma, appena giunto, rimase ammutolito: anche lui vedeva la giovane donna che piangeva. Lui stesso le chiese: «Perché piangi?».  Con voce triste ella rispose: «Ci fu un tempo in cui qui mio Figlio veniva adorato dal mio popolo.  Ma questo terreno sacro è ora stato abbandonato al ferro dell’aratro e al pascolo».

Il racconto di questa apparizione si diffuse subito in tutta la regione; venne condotto sul luogo l’ex sacrestano, ormai vecchio di cento anni e cieco, che aveva aiutato il parroco a nascondere la cassa con la sacra immagine. Appena giunto sul posto, il vecchio cieco riacquistò miracolosamente la vista e così poté indicare il sito della chiesa e il punto dov’era stata sepolta la cassa con i titoli di proprietà del terreno, alcuni paramenti preziosi e l’immagine della Vergine.


Nel 1622, la proprietà venne restituita alla Chiesa cattolica: in pochi anni l’intera regione abbandonò il protestantesimo e ritornò alla fede cattolica.

Nel 1623 fu ricostruita la chiesa e la venerata immagine dal suo altare proseguì la sua elargizione di grazie e miracoli, favorendo il ritorno in massa del popolo e della nobiltà alla fede cattolica.

Più volte restaurato ed ampliato, nel 1760, il Santuario fu costruito in muratura, lavoro che durò 25 anni.

Le apparizioni di Šiluva furono riconosciute dall’autorità ecclesiastica nel 1775.
Durante il periodo d’indipendenza nazionale (1918-1940), più di 100 mila persone si recavano annualmente a Šiluva.

La nuova chiesa di Šiluva attrasse immediatamente migliaia di fedeli, cosa piuttosto inaspettata in un’area a predominio protestante.

La nuova chiesa di Šiluva divenne un centro di pellegrinaggio dove accorrevano migliaia di pellegrini, ottenendo grazie e miracoli e, soprattutto, convertendosi ad un’autentica vita cristiana.
Per giungere alla chiesa, i pellegrini solevano percorrere anche lunghi tratti in ginocchio su strade non asfaltate.

Ben presto la chiesa si rivelò essere troppo piccola per accogliere i numerosi pellegrini; così, nel 1641 venne costruita una chiesa più grande.
Un segno della vitalità del rinato tempio mariano è il fatto storico che nel 1677 ben 12 preti risiedevano a Šiluva per la cura spirituale dei pellegrini. Fino a quel tempo, l’attività pastorale era a volte cresciuta e a volte diminuita, in diretta relazione con guerre, carestie e persecuzioni, ma non si era mai interrotta.

Tra il 1760 e il 1773, venne iniziata la costruzione di una nuova chiesa, che si è conservata fino ad oggi, in stile barocco, con muri esterni in mattoni rossi.
La chiesa venne ultimata nel 1786.